例1为了解基因结构，通常选取一特定长度的线性DNA分子，先用一种限制酶切割，通过电泳技术将单酶水解片段分离，计算相对大小，然后再用另一种限制酶对单酶水解片段进行降解，分析片断大小，下表是某小组进行的相关实验。
已知一线性DNA序列共有5000bp（bp为碱基对）第一步水解产物
单位（bp）第二水解产物
单位（bp）
A酶切割2100将第一步水解产物分离后，分别用B酶切割。1900200
1400800600
1000100
500500
B酶切割2500将第一步水解产物分离后分别用A酶切割。1900600
1300800500
12001000200
经A酶和B酶同时切割19001000800600500200
根据表中数据，请用图示标出酶切位点，并标明相关片断的大小。
解析：限制酶有专一性，且经A酶和B酶同时切割有6段。
为了方便设1900＝x 200=y800=m600=n 1000=p500=q，则根据先A酶后B酶，先B酶后A酶的结果则有：
x+y=2100① x+n=2500② m+n=1400③
m+q=500④p+y=1200⑤
根据①②则有x y n的排列可能序列是：
⑥ n x y
y x n
同理，根据③④则有m n q的可能序列是：
⑦ n mq
qm n
则根据⑥和⑦及⑤则有排序：
qmnxyp
那么片段的顺序及酶的切割点应是
例2现有一长度为3000个碱基对（bp）的线性DNA分子，用限制酶切后，进行凝胶电脉，使降解产物分开，用H酶单独酶切，结果如图I，用酶B单独切，结果如图2，用酶和酶B同时酶切结果如图3，请用图标出该DNA分子的结构及酶切图谱。
解析：用H酶和B酶同时切，有600bp、400bp、1400bp，根据题意只有三段是不行的，必须有四段，故可能有两段是重复的，则只有600bp片段有两段，且B酶切割只能在H酶切割的两则：
设x=400bp y=600 bp p=1400bp
则片段的排列可能有：
则按顺序排列有:
x+y=1000bpx+y=1000bp
① y+p=2000bp ③ p+y=2000bp
y+x=1000bpy+x=1000bp
② y+p=2000bp ④ p+y=2000bp
通过分析只有③的排列合符题意。
即DNA分子的结构及其酶切图谱是：
总结：通过用字母代替数字再根据题意进行分析，感觉就不抽象，思路就清晰具体。
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