检查，如血液、粪便、内镜和病理学检查等，并排除肠结核、肿瘤等肠道疾病，方能确诊。治疗前，还应确定疾病的严重度、活动度、病变范围及有无并发症。
第二关：活动期——遵循分级、分期、分段的治疗原则。
活动期的治疗目标是尽快控制炎症，缓解症状。缓解期应维持治疗，预防复发。重症患者是治疗的难点，目前强调采取逐步降级(Top down)的治疗方法，即尽早应用口服糖皮质激素；若疗效不佳，则换用免疫抑制剂，如硫唑嘌呤、6巯基嘌呤，以便迅速控制发作；激素治疗无效者，可选择生物性药物治疗。若药物疗效不佳，可选择手术治疗。手术治疗的绝对指征包括：大出血、穿孔、明确或高度怀疑肿瘤可能。
第三关：稳定期——切忌过早停药。
由于治疗炎症性肠病的药物有一些不良反应，如长期口服激素会导致肥胖、高血糖、骨质疏松等问题；免疫抑制剂则有骨髓抑制、肝功能损害等副作用；生物性药物有过敏、感染等不良反应，故多数患者对用药存在一些疑虑，用药持续性较差，或过早停药，或间断服药，结果是导致疾病反复发作。实际上，治疗炎症性肠病需要一段相当长时间，用药时间至少2年。即便临床治愈了，也需要用药物（氨基水杨酸）长期维持治疗，防止疾病复发。维持治疗的时间尚无定论，可能需要3～5年，甚至终生用药。不少患者误以为症状消失了，疾病就好转或治愈了。其实，只有肠黏膜完全愈合，疾病才算真正进入缓解期。
原则四：防癌变——定期查肠镜。
长期慢性炎症是癌变的诱因。炎症性肠病的癌变率，20年为7.7%，30年为15.8%。因此，炎症性肠病患者应定期复查肠镜。全结肠炎患者在发病后的8～10年起，左结肠炎者发病后的10～15年起，每1～2年进行一次肠镜检查。肠镜检查时，应同时行活组织检查，若发现有不典型增生，特别是呈高度不典型增生者，需及时采取干预措施，如内镜下黏膜切除或手术切除结肠段等。
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