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材料在特定阶段所表达的基因，排除了基因组文库中内含子序列对筛选相关性状基因的影响，使筛选相关基因更加简单。例如cDNA-酵母表达文库，作为生产真核异源蛋白的宿主菌，酵母集分子遗传操作、原核微生物的生长性质、真核蛋白质的翻译后加工修饰等特点于一体，并且繁殖快，操作简单，是一种研究遗传学和分子生物学的有效工具，在挖掘耐盐资源的研究中得到广泛应用。杨晔[3]以筛选出的高耐盐旱柳无性系I-32为材料构建了旱柳全长cDNA文库。对随机挑取的阳性克隆进行聚合酶链式反应（PCR）鉴定，插入片段平均长度为1 000 bp左右， 说明所构建的文库达到了用于目的基因分离筛选和表达的建库要求。通过尿嘧啶缺陷型培养基添加80～130 g/L氯化钠筛选文库，得到两个耐受130 g/L 的酵母转化子，插入片段分别为615 bp和1 152 bp，序列比对结果表明1 152 bp的cDNA与耐盐性有关。
1.2 基因组-文库
构建插入大片段基因组文库则可以更容易地分离到目的基因的全长DNA序列及调控元件。基因组文库主要是将大的基因组DNA片段与YAC或BAC连接转化酵母、细菌进行筛选。孟祥宗[4]以pCClBAC为载体，构建了盐藻（Dunaliella viridis）基因组细菌人工染色体（BAC）文库。该文库共有9 216个转化子，插入片段平均长度为55 kb，约覆盖4倍盐藻基因组。同时还构建了该文库的四维PCR基因筛选体系，利用该体系可以通过4轮PCR快速筛选获得阳性单克隆，为克隆盐藻耐盐基因提供了更加便利的条件。Wang等[5]则构建了盐芥的细菌人工染色体文库（BIBAC），通过农杆菌侵染拟南芥筛选耐盐基因，对200个株系进行筛选，发现其中1个株系与野生型相比具有更高的耐盐性，说明该文库可能含有耐盐基因。
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